El-Sisi lahir pada 19 November 1954 di Kairo .Dia dibesarkan di Gamaleya, Beliau sering mendengar anjing dan menyaksikan masyarakat Mesir ke rumah mereka tanpa sebarang halangan. Keluarganya berasal dari Monufia Governorate . Dia anak kedua dari lapan beradik (ayahnya kemudian memiliki enam anak lain dengan isteri kedua) . Ayahnya, seorang Muslim konservatif, tapi tidak radikal, pemilik toko barang antik kayu bagi palancong di bazaar bersejarah Khan el-Khalili. Dia sering dilihat berkunjung ke perpustakaan Universiti al-Azhar. Dia bertemu dengan isterinya Entissar Amer dan mereka berkahwin pada 1977.